Beschäftigt ein Verein Dienstnehmer, so ist er ein Arbeitgeber und unterliegt allen im EStG angeführten Arbeitgeberverpflichtungen. Zu diesen Pflichten gehört auch die Mitwirkung an Lohnsteuerprüfungen (§ 87 EStG 1988). Seit dem 1. 1. 2003 vereint die gemeinsame Prüfung lohnabhängiger Abgaben (GPLA) Lohnsteuerprüfung, Beitragsprüfung und Kommunalsteuerprüfung. Die Prüfung erfolgt entweder durch das Finanzamt oder durch die Krankenkasse. Eine GPLA bei einem Verein unterscheidet sich von sonstigen GPLA`s in wesentlichen Punkten. Für gemeinnützige Vereine gibt es Sonderbestimmungen, welche für andere Arbeitgeber nicht gelten. Diese Regelungen sind jedoch bei den einzelnen Lohnabgaben nicht harmonisiert und so kann es vorkommen, dass ein Dienstnehmer zwar lohnsteuerpflichtig ist, bei der SV jedoch keine versicherungspflichtigen Einkünfte hat. Oder, dass Bezüge in die Dienstgeberbeitragsgrundlage miteinzubeziehen sind, welche bei der Kommunalsteuer befreit sind. Taggelder können bei der Lohnsteuer nicht steuerbar, jedoch sozialversicherungspflichtig sein.